Не специалист - ну и молчи. Никто такого не пишет.

Что-то я не заметил, чтоб от этого пропало предупреждение "Note: Main.java uses unchecked or unsafe operations". Или это так и должно остаться, а заявления о том, что Java лучше, чем плюсы, гарантирует безопасность выполнения, надо делить на 0x100?

Полный текст --
[cut]
import java.io.File;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.FileReader;
import java.io.IOException;
import java.io.PrintWriter;
import java.io.StreamTokenizer;
import java.util.ArrayDeque;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Arrays;
import java.util.List;
import java.util.Queue;
import java.util.logging.Level;
import java.util.logging.Logger;

public class Main {
    static int nextInt(StreamTokenizer in) {
        try {
            in.nextToken();
            return (int) in.nval;
        } catch (IOException ex) {
            Logger.getLogger(Main.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
            return 0;
        }
    }
    public static void main(String[] args) throws FileNotFoundException {
        StreamTokenizer in = new StreamTokenizer(new FileReader("input.txt"));
        PrintWriter out = new PrintWriter(new File("output.txt"));
        int TEST_NUM = nextInt(in);
        for(int the_test=0; the_test<TEST_NUM; the_test++) {
            int N = nextInt(in), M = nextInt(in);
            ArrayList<Integer>[] graph = new ArrayList[N];
            for(int i=0; i<N; i++)
                graph[i] = new ArrayList<Integer>();
            for(int k=0; k<M; k++) {
                int u = nextInt(in), v = nextInt(in);
                graph[u].add(new Integer(v));
            }
            int[] st = new int[N];
            int[] d = new int[N];
            Arrays.fill(st, 0);
            Arrays.fill(d, 987654321);
            int start = nextInt(in);
            st[start] = 1;
            d[start] = 0;
            Queue<Integer> qqq = new ArrayDeque<Integer>();
            qqq.add(start);
            while(!qqq.isEmpty()) {
                int u = qqq.poll();
                for(int w : (ArrayList<Integer>) graph[u])
                    if(st[w]==0) {
                        qqq.add(w);
                        st[w] = 1;
                        d[w] = d[u] +1;
                    }
            }
            for(int i=0; i<N; i++)
                out.print(d[i] + " ");
            out.println();
        }
        out.close();
    }
}

Точные требования с форматам ввода-вывода и т.д. -- http://informatics.mccme.ru/moodle/mod/statements/view3.php?id=3311&chapterid=3489#1

За разъяснение, что писать надо
ArrayList<Integer>[] graph = new ArrayList[N];
-- огромное спасибо, похоже, это на 99% закрывает вопрос.

А насчёт остального текста сообщения -- что-то то ли плохо написано, то ли я плохо читаю, но сначала я его совершенно не понял. Особенно меня огорчило утверждение "Можно создать ArrayList<String> и присвоить его в ArrayList<Integer> и это будет компилироваться.".

Но в том-то и дело, что при объявлении
ArrayList<Integer>[] graph = new ArrayList[N];
и дальнейшей попытке использования
for(String s : (ArrayList<String>)graph[u])
ошибка компиляции таки возникает, сообщая мне, что у меня бардак с типами. Что, насколько я понимаю, хорошо и правильно. А из Вашего сообщения я сначала понял в точности наоборот, и поначалу даже не проверил.

хм... а LinkedList (опять же) чем не покатил. Он как раз для этого, вроде - без буфера...

Генерики сделаны таким образом, чтобы не пришлось создавать по отдельному классу на каждый параметр. Но в нашем случае отдельный класс - это нормальное решение, по нему никаких unchecked быть не может. 

new A<Thread>("blabla");

Тип C определён параметром конструктора (String) а тип B указан явно (Thread)... Или что имелось в виду сделать?

У меня написан GreaseMonkey-скрипт, который, в частности, полностью скрывает количество голосов около сообщения. Так что у меня лично никаких претензий нет и быть не может :)