Например, так:

#include <ctime>
#include <cstdio>

int main() {
  double start = clock();
  // Insert your code here
  printf("%.4lf\n", (clock() - start) / CLOCKS_PER_SEC);
  return 0;
}

Выведет время программы в секундах, с дробной частью. Обычно CLOCKS_PER_SEC=1000, поэтому можно и в целых числах.

Под Windows можно использовать либо runexe (написано нами — Саратовским ГУ), либо run.exe (авторства ИТМО). Я рекомендую наш вариант :) он не запускает код в дебаге, а иногда запуск в debug приводит к очень странным (читай неправльным( измерениям.

Есть еще такая вещь, как QueryPerformanceCounter (вкупе с QueryPerformanceFrequency). Измеряет кол-во "тиков" процессора с момента запуска системы, поэтому выходит довольно точно. Не знаю, как в других средах, но как-то пробовал измерять время работы кода на Delphi, проблема была только одна — погрешность +/-0.5 ms (ибо на машине работают еще и другие программы, которые отнимают время). Ну, если совсем точно надо — можно посчитать раз 20 и найти среднее :))

ptime — меряет хорошо. Можно скопировать в папку с прогой, время работы которой хочется измерить. Перенаправление ввода-вывода и вызов программы (предварительно перейдя в папку с ней): ptime program < input.txt > output.txt. Без перенаправления так: ptime program. Из замеченных глюков — иногда файлы долго открываются (не у всех, в частности наблюдаю у себя на винде, но это сбои ФС), и порой 500 мс можно легко скинуть (это уже экспериментировать со своей системой надо). Но на большинстве машин такого не наблюдается, и время показывается "нормальное".

http://www.cplusplus.com/reference/clibrary/ctime/clock/

P.S. in english version previous comments aren't shown, no need to "vote down".

Подскажите, как при помощи run.exe запретить создание дочерних процессов? Например, вот такой код

#include <iostream>
using namespace std;
int main()
{
	system("notepad.exe");
	return 0;
}

run -y 3s a.exe

успешно выполняется. Время будет считаться до тех пор, пока блокнот не будет закрыт вручную. После этого, вердикт будет Idleness limit exceeded. Но хотелось бы, чтобы дочерние процессы убивались автоматически.