Хотелось бы видеть код. Классы ввода-вывода в Ява поддерживают кодировку utf-8, но подключать её нужно по-разному.

Вот немного кода из источника:

FileInputStream fis = new FileInputStream("test.txt"); 
InputStreamReader in = new InputStreamReader(fis, "UTF-8");

FileOutputStream fos = new FileOutputStream("test.txt"); 
OutputStreamWriter out = new OutputStreamWriter(fos, "UTF-8");

Scanner scanner = new Scanner(file, "UTF-8");

Здесь примеры через файл, но можно попробовать заменить некоторые переменные на System.in или System.out. К тому же, поиск "имя-класса-ввода/вывода utf-8" поможет найти решение, сам так делал когда-то.