Во первых у вас проблемы с вводом. У вас массив int. Считав число вида 00010100, вы сохраните в ячейку вот такую штуку: 10100. Дальше пока не разбирался.

UPD. Во вторых у вас во время цикла могут выполниться сразу куча ифов.

UPD2. Заметил очень интересное считывание. У вас получается, что считывается сначала один разряд первого числа, потом тот же разряд второго числа. Не знаю, верно ли это, но это очень странно. Я бы считывал все-таки сначала все разряды первого числа, а потом второго.

UPD3. С остальным все нормально, осталось только обработать то, что количество разрядов может увеличиться.

К тому же не обрабатывается случай переноса единички на 9-ый разряд (этот комментарий, правда, уместен только в случае, если старшие разряды вообще входят в контекст задачи).

P.S.: Пытаться помочь всегда проще, когда есть более полные условия задачи :)

На будущее. Название поста на английском подразумевает, что пост тоже будет на английском. Не устраивайте каши.